Trong vụ án này, ông Nguyễn Linh Ngọc bị đưa ra xét xử về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo khoản 3 Điều 219 Bộ luật Hình sự.
Năm 2012, ông Nguyễn Linh Ngọc được giao chỉ đạo, giải quyết lĩnh vực địa chất, khoáng sản và phụ trách Tổng cục Địa chất và Khoáng sản. Đây là đơn vị có nhiệm vụ tiếp nhận, thẩm định hồ sơ cấp giấy phép khai thác khoáng sản.
Ông Nguyễn Linh Ngọc tại phiên toà.
Hồ sơ xin cấp phép của Công ty Thái Dương chỉ có giấy chứng nhận đầu tư Dự án khai thác, tuyển quặng do UBND tỉnh Yên Bái cấp năm 2011 (hết hạn năm 2012); không có giấy chứng nhận đầu tư nhà máy thủy luyện Yên Bái và nhà máy chiết tách Hải Phòng.
Vốn chủ sở hữu của Công ty Thái Dương không đạt tỉ lệ bằng 30% tổng số vốn đầu tư của dự án như quy định của Luật Khoáng sản,... Tuy nhiên, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản vẫn sử dụng kết quả thẩm định cũ từ năm 2011 để trình hồ sơ.
Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc khi đọc và nghiên cứu hồ sơ vẫn ký chấp nhận cấp giấy phép cho Công ty Thái Dương vào năm 2013.
Tại toà, ông Ngọc thừa nhận trách nhiệm cá nhân và cho rằng: "Nếu Công ty Thái Dương thực hiện đúng các điều khoản đã cam kết thì đã không xảy ra những sai phạm như ngày hôm nay".
Bị cáo trình bày trước HĐXX, giai đoạn 2011–2013, khi hồ sơ xin cấp phép của Công ty Thái Dương nộp và chiếu theo Luật Khoáng sản 2005 thì hợp lệ.
Tuy nhiên, đến đầu năm 2012, Luật Khoáng sản 2010 có hiệu lực, cùng với Nghị quyết 02 của Bộ Chính trị và Chỉ thị 02 của Thủ tướng Chính phủ, thì các tiêu chí cấp phép đã thay đổi, khiến quy trình bị gián đoạn và hồ sơ không còn đủ theo luật mới.
Ông Ngọc cho rằng, việc kéo dài thời gian cấp phép qua nhiều năm khiến luật thay đổi cũng là nguyên nhân khiến cơ quan có thẩm quyền khó khăn và sát sao.
"Nhìn tổng thể, rộng ra, toàn diện các quy định thì bị cáo đã sai phạm", ông Ngọc thừa nhận và cho biết thêm thời điểm rất tin tưởng vào đề án của Bộ Công Thương đã được phê duyệt và tin tưởng rằng hồ sơ đã được rà soát đầy đủ.
Tại toà, ông Ngọc khẳng định, bản thân hoàn toàn không có ai tác động hay can thiệp để ông ký cấp phép cho Công ty Thái Dương, cũng không có mối quan hệ "quen biết" cá nhân nào với doanh nghiệp này trước đó.
HĐXX nhấn mạnh: Nếu các bị cáo thực hiện đúng quy định, đầy đủ thủ tục và làm tròn trách nhiệm, thì Công ty Thái Dương đã không thể được cấp phép khai thác mỏ. Ở đây, các bị cáo làm sai, làm không đúng quy trình, thủ tục trình tự, không hết trách nhiệm.
Do đó, Công ty Thái Dương được cấp giấy phép đó và từ đó gây thất thoát tài nguyên thiên nhiên của đất nước, gây thiệt hại hơn 730 tỷ đồng.
Kiểm tra túi quả phát hiện 500 triệu đồng
Tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Văn Thuấn – cựu Tổng Cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản (Bộ TN&MT) bị xét hỏi về việc ký tờ trình đề xuất cấp giấy phép khai thác đất hiếm cho Công ty Thái Dương từ năm 2011.
Bị cáo thừa nhận đã không trực tiếp kiểm tra hồ sơ mà "tin anh em đã đọc và ký rồi nên ký luôn bản dự thảo gửi lên Bộ để trình Chính phủ".
Ông Nguyễn Văn Thuấn – cựu Tổng cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam.
Ông Thuấn khai, vào thời điểm đó, phía Nhật Bản đang mong muốn hợp tác trong lĩnh vực khai thác đất hiếm, nên khi nghe Công ty Thái Dương báo đã tìm thấy mỏ, ông "rất kỳ vọng vào cuộc hợp tác quốc tế này" và đã chủ quan trong việc thẩm định hồ sơ.
Bị cáo cũng trình bày rằng năm 2015, trong bối cảnh xây dựng Nghị định khoáng sản mới bị phản đối quyết liệt, bản thân chuẩn bị nghỉ hưu và chịu nhiều áp lực. "Nếu chính sách khoáng sản sụp đổ thì rất dễ bị truy tố, nên tôi bị xao nhãng công việc khác", ông Thuấn khai.
HĐXX hỏi về việc có quen biết hay bị tác động bởi Đoàn Văn Huấn – Chủ tịch HĐQT Công ty Thái Dương hay không? Ông Thuấn khai vào sinh nhật năm 2013, Huấn có gửi lẵng hoa và túi hoa quả đến nhà. Sau khi mở ra, ông phát hiện có 500 triệu đồng bên trong.
Ông Huấn cho rằng, bản thân không có gì vụ lợi từ sai phạm, sau đó ông đã gọi điện để trả lại số tiền cho Huấn nhưng không nghe máy. "Tôi đã trả lại số tiền này ngay sau đó khi làm việc với cơ quan điều tra", bị cáo nói trước toà.
Đặng Thủy - Quỳnh Chi